Exploration de la Diversité Taxonomique
des Ecosystèmes par Metabarcoding
En matière de prospectives scientifiques, le CNRS (INSU OA) et l’IRD ambitionnent de caractériser la biodiversité environnementale afin d’étudier l’impact du changement global sur les milieux et de l’anthropisation de la planète. Ces enjeux nécessitent l’acquisition de connaissances sur la biodiversité pour répondre aux grands défis planétaires (e.g. modéliser, anticiper, prévenir les catastrophes écologiques), aux objectifs de développement durable, et contribuer aux grandes transitions de la société dans un contexte de changement climatique.
Le metabarcoding est aujourd’hui une des approches incontournable dans la description des écosystèmes pour répondre à ces enjeux scientifiques; elle offre une caractérisation exhaustive de la diversité taxonomique (composition en espèces et abondances) d’un écosystème via le séquençage massif de marqueurs d’intérêts (e.g. ARN ribosomaux 16S, 18S, gène COX, …) et le post-traitement bio-informatique des données générées.
L’Action Nationale de Formation CNRS-INSU MetaBioDiv, portée par l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (Armougom Fabrice) et la Délégation Régionale CNRS Provence & Corse (DR12), propose à la communauté scientifique une formation sur la caractérisation de la biodiversité taxonomique d’écosystèmes (procaryotes et micro-eucaryotes) par le prisme du séquençage haut-débit Illumina (Miseq) et du traitement bio-informatique associé (outils R sous Rstudio).
Date, Lieu et Déroulement de la Formation
La formation aura lieu du Lundi 04 (midi) au Vendredi 08 (midi) Septembre 2023 à la Villa Clythia (Fréjus) située à 10 minutes de la gare SNCF de Saint Raphaël et 45 min de l’Aéroport de Nice (possibilité de prise en charge par navette de l’hôtel Clythia). L’ensemble des formateurs et participants logeront sur le site afin de faciliter les interactions et les échanges durant ces 4 jours. La formation est gratuite pour les agents CNRS (seront prioritaires lors des inscriptions), mais reste ouverte aux agents des autres tutelles d’appartenance. Les frais d’inscription d’un montant de 400 euros, incluent les frais pédagogiques ainsi que les frais d’hébergement et de restauration. Pour les agents CNRS, les frais d’inscription sont à la charge de l’ANF. Pour les agents non CNRS et extérieurs, les frais d’inscription sont à la charge de votre employeur.
Prérequis de la Formation
La formation alternera cours théoriques et travaux pratiques sur ordinateurs personnels. L’environnement de travail sera Rstudio. La participation de l’Institut Français de Bio-informatique permettra une connexion à distance sur un environnement Rstudio avec l’ensemble des packages nécessaires à la réalisation des analyses. Il est donc impératif de se présenter à la formation avec des notions de base sur le langage R (même si les commandes exécutées resteront simples). Pour ces notions de base, une proposition d’initiation en R (e-learning gratuit) sera proposée aux participants sélectionnés en amont de la formation Metabiodiv. Une seule demi-journée sera consacrée (Lundi 04/09 après-midi) au langage R en guise de révision.
Public Cible
La formation s’adresse à des biologistes, microbiologistes, écologues et analystes (Ingénieur ou Chercheur) dans le domaine des sciences de l’environnement/océanologie, ayant l’intention de mettre en œuvre, à court terme, les apprentissages réalisés, voire de transmettre les compétences analytiques acquises au sein de leur structure au travers des projets associés au metabarcoding. Le public visé est principalement AI, IE et IR BAP A/E, CR sections CNRS 19, 21, 29 et 30 : Analyse de données, écologie, océanologie, biologie et sciences environnementales.
Programme de la Formation & Modalités d’Inscription
Télécharger les objectifs et le pré-programme de la formation (modifications possibles d’ici le début de la formation).
Afin de faire face à la demande, merci de nous renvoyer votre acte de candidature complétée via ce questionnaire ET formulaire d’inscription à l’adresse formation@dr12.cnrs.fr. Les demandes seront acceptées en fonction du profil des candidats grâce au questionnaire complété.
La clôture des inscriptions est fixée au 25 Juin 2023.
Comité d’Organisation et Intervenants
Nicolas Henry, ABIMS, FR2022/Tara GOSEE, Station Biologique de Roscoff
Jean-Christophe Auguet, Marbec, Montpellier
Lois Maignien, BEEP, Université de Brest
Marc Garel, MIO, Marseille
Pauline Lecoq, MIO, Marseille
Fabrice Armougom, MIO, Marseille
Sponsors – Soutien
Plateforme OMICS, MIO, Marseille
Institut Français de Bioinformatique
Thanks the French Institute of Bioinformatics – IFB CNRS UAR3601 – for providing life science data and tools, storage and computing resources.
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